Este Centro se crea en el año 1965 cuando, por Orden del Ministro de Agricultura de 30 de octubre de 1.965, se aprobó el establecimiento de una Escuela de Capacitación Agraria en MOLINA DE SEGURA (Murcia). Tras las actuaciones administrativas de cesión de los terrenos por el Ayuntamiento de Molina de Segura y las obras de construcción, el Centro estaba ya disponible en el año 1970 planificándose para entonces algunas acciones formativas de corta duración. Pero es a partir del año 1971 cuando este Centro inicia sus actividades regladas de Formación Profesional.
Desde el inicio de actividades el Centro ha estado siempre estrechamente relacionado con el Área Profesional de la Conservería Vegetal, formando y cualificando a muchos de los profesionales que hoy desempeñan su actividad en importantes empresas distribuidas por toda la Región de Murcia y también por el resto de España. Inicialmente fueron Capataces Conserveros los profesionales formados, para más tarde implantar las enseñanzas de Formación Profesional de Segundo Grado en la especialidad de Conservería Vegetal, adquiriendo el Centro durante largos periodos de su historia el nombre de Escuela de Conservería Vegetal.
A partir de 1.996, tras una profunda remodelación del Centro y ser transferido desde el Ministerio de Agricultura y Pesca a la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia, se reestablecen las enseñanzas de Formación Profesional Específica, desarrollándose, hasta el momento actual, diversos Ciclos Formativos de Grado Medio y Superior de la Familias Profesionales de Industrias Alimentarias y de Medio Ambiente, abriendo su especialización a otros subsectores agroalimentarios de importancia en esta Región como son el sector cárnico, lácteos, aceites de oliva, pescados o golosinas, entre otros. Desde este año y hasta 2001 el Centro se denominaba Centro de Capacitación y Experiencias Agrarias. A partir del año 2001 y para adaptar su nombre a la realidad de las actividades que realizaba, cambia su denominación a la actual de Centro Integrado de Formación y Experiencia Agrarias (CIFEA).
En el año 2015 y tras un largo periodo de calificación y creación, por Real Decreto 871/2015, de 2 de octubre, se crea en el CIFEA de Molina de Segura el Centro de Referencia Nacional en el área profesional Conservas Vegetales de la familia profesional de Industrias Alimentarias (BOE 13/10/2015). El Consejo Social de este CRN se constituyó el 12 de enero de 2016 y el primer Plan Anual de Trabajo lo desarrolló entre los años 2018 y 2019.